В настоящее время Новохоперский ремонтно-механический завод является структурным подразделением Дирекции по эксплуатации и ремонту путевых машин - структурного подразделения Юго-Восточной Дирекции инфраструктуры - структурного подразделения Центральной дирекции инфраструктуры - филиала открытого акционерного общества «Российские железные дороги» и имеет в своем штате 198 человек. В состав Новохоперского ремонтно-механического завода входят следующие участки: производственные участки №1, №2, №3; кузнечно-прессовый участок; участок формовки, плавки и обрубки литья; участок металлорежущих станков; участок по ремонту и эксплуатации энергетического оборудования; участок по ремонту технологического оборудования. В 2003 году был сформирован участок по ремонту механизированного путевого инструмента.